De serbiska kanonerna ställdes upp på höjderna kring de bosniska städerna och spred terror med sina granater över städer som Tuzla, Srebrenica och Gorazde, dit tiotusentals flyktingar sökt sig. 1993 bröt kriget öppet ut även mellan muslimer och kroater, med etnisk resning på båda sidor.
Ett år senare slöt man fred, efter väldigt starka påtryckningar från USA. Man bildade en federation för att bekämpa de serbiska styrkorna, men federationen stannade i praktiken på pappret. Det var serberna som hade vapen, och bosnier och kroater hindrades av FN:s förbud mot att sälja vapen och ammunition till de stridande parterna i Jugoslaven. Undan för undan lyckades ändå kroater och muslimer kringgå vapenembargot och bygga upp sin beväpning.

I juli 1995 intog serbiska trupper de inringade städerna Srebrenica och Zepa, medan FN-styrkorna bara kunde se på. I Srebrenica, med 4000 invånare före kriget, fanns 40 000 människor när staden föll. NATO-plan bombade de serbiska ställningarna men kunde inte hejda offensiven. I augusti svarade bosnier och kroater med stor offensiv i västra Bosnien. Belägringen av Bihac, som varat sedan 1992, bröts och serberna tvingades på flykt från ett stort område. På bara några veckor fick kroater och bosnier kontroll över mer än 50 procent av Bosniens yta.
Förödelsen av de fyra år långa kriget i Bosnien är omfattande. 200 000 människor beräknas ha dött under kriget och det betyder minst tio gånger fler anhöriga som drabbats. Miljontals människor har fått sina hem plundrade eller nedbrända. Omflyttningar av tusentals muslimska och kroatiska flyktingar till områden i Bosnien-Hercegovina har skapat "etniskt rena" trakter. Minst 10 000 människor har förflyttats till områden i norra och västra Bosnien som behärskas av den bosniska regeringen och kroatiska styrkor.
Hösten 1995 hade kroatiska områden i Bosnien i praktiken blivit en del av Kroatien, enligt UNHCR-talesmannen Kris Janowski. Skolor, flaggor och valuta är kroatisk. De flesta av dem som tvångsflyttats till områden var kroater som fördrivits från norra Bosnien som hämnd för utdrivningen av serber i Krajina. I december var 2.8 miljoner människor på flykt som följd av kriget, av dem fanns 1.3 miljoner i Bosnien. 800 000 i övriga delar av före detta Jugoslavien och 700 000 utanför det forna Jugoslavien, de flesta i Tyskland. I november fanns det omkring 52 000 bosniska flyktingar i Sverige. 70 000 flyktingar hade då redan åkt tillbaka till Bosnien för att stanna där permanent.

En enkätundersökning bland 1500 bosnier i Sverige visade att över 50 procent ville återvända genast efter en fred, drygt 40 procent ville åka tillbaka så fort det verkar säkert. Hela 83 procent hör hemma i den numera serbstyrda delen av Bosnien. Undersökningen visade också att bosnierna i Sverige är en tämligen välutbildad grupp som haft det bra ställt i Bosnien.